Pioneiros paulistas e mineiros começam a explorar a vasta região situada entre a Serra de Botucatu, o Rio Tietê, o Rio Paranapanema e Rio Paraná, após 1850, na procura de novas terras para ocupação e colonização. Até então a região era habitada por grupos de índigenas Kaingang.

Próximo ao atual centro de Bauru, em 1856, foi estabalecido a Fazenda de Flores por Felícissimo Antonio Pereira. Em 1884 parte da fazenda foi desmembrada para a formação do arraial de São Sebastião do Bauru.

Mesmo sujeito a ataques dos nativos e relativamente afastado do resto do Estado, em 1888, é elevado a distrito de Pederneiras. Em 1 de agosto de 1896, a chegada de migrantes vindo do leste paulista e de Minas Gerais levam a emancipação da cidade.

Mesmo tendo terras mais fracas e inférteis do que o resto do estado, o novo do munícipio sobrevive ao cultivo do café. Em 1906 é escolhido como ponto de partida da ferrovia Noroeste do Brasil, ligando a cidade a Corumbá e a Bolívia.

Bauru recebeu nas primeiras décadas do século XX imigrantes de várias partes do mundo, com destaque para os italianos, espanhóis, portugueses e japoneses. O entroncamento rodo-ferroviário de Bauru atrai ainda imigrantes sírios, libaneses, alemães, franceses, chineses e judeus de diversas nacionalidades. Mais recentemente, passou a receber bolivianos, argentinos, chilenos, palestinos e norte-americanos, tornando-se uma das cidades mais cosmopolitas do Interior Paulista.

Com a decadência da ferrovia, aliado com o crescimento de Marília, Presidente Prudente e Araçatuba, entre 1970 e o início do século XXI a cidade de Bauru enfrenta uma significante redução do crescimento econômico. Porém a existência de um forte setor de serviços, a presença de universidades e o fato da cidade ser um grande entroncamento rodo-ferroviário fazem de Bauru ser ainda o principal polo econômico do Oeste Paulista

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